他的思想比较复杂，而其中最引人注目的，是反叛传统的“异端”倾向。肯定人性的“自然”，是其思想的核心价值范畴。他说：“尧舜与许由虽异，其得于自然一也。”（《自然铭·序》）意谓尧舜为圣人，许由作隐士，都出于自己的生活意欲，他们的选择并无高下善恶之分。《赠栉工王辅序》一文表达了同样思想，认为无论是医卜工贾，还是公卿大吏，谋生方式各异，但都有自己的生存意欲，所谓“耕虽不一，其为不耕之耕则一也”。他希望栉工王辅明白，自己和“公卿大吏”一样，大家都是为了吃饭，尽管方式不同，其间没有贵贱的区别。强调“自然”，当然和《庄子》有关系，但在杨维桢这里，已经全然没有避世和委曲求全的意识，而是用相当平淡的态度来看待人们在社会中的不同生活方式，表现出对自由的生活意欲的尊重。