魏忠贤在三十岁那年又造《百官图》，污蔑清廉的官员，甚至再唆使同党刑科给事中傅櫆劾汪文言、左光斗及魏大中，给这三人冠上莫须有的罪名，说他们“招权纳贿”，更说左、魏两人“丑心险，色取行违，自命为血性男子，实为匪类”。魏忠贤更矫旨责怪：“魏大中互讦未悛，不得赴新任”玩弄言官于股掌之中。杨涟等人弹劾魏忠贤，不仅使其原形毕露，也使依附其下的干儿义孙们大为恐慌，为了惜恩邀宠，于是天启五年三、四月间，众人筹谋献策，倡兴大狱。诬陷杨涟等六君子，接受熊廷弼的贿赂，判定杨涟左光斗各坐赃二万，魏大中三千。魏大中被捕之时，乡人号送者近万人。

　　魏大中被捕之时，魏学洢泣血号呼，想随牢车北上。他不听从父亲劝阻，改换姓名、容貌，秘密地在后跟随缇骑，沿途打听父亲的起居。抵达北京后，白天藏匿在客店之中，昼伏夜出，四处求救，但父执辈之人有的拒不相见，有的则对他仰天长叹，相对而泣，无可奈何而已。魏学洢虽然也想上书以己代父，但未能如愿。魏忠贤又矫旨下令，对六人“严刑追赃比较，五日一回奏”，于是狱卒鞭笞拷掠，棍棒交加，臀血流离，骨肉俱腐。魏大中被诬接受熊廷弼等人贿赂，亦为欲加之罪。最后竟被诬陷坐赃而死。死之时溽暑殷雷，相验领埋之旨，迟迟不下，过了六七天才差官发尸，和杨涟、左光斗等三人尸体由牢穴中拖出，骸胀而黑，肌生蛆蚋，溃烂零落，几难以辨认，那年魏大中五十一岁。魏学洢领了父亲的尸体，匍匐扶衬归乡，日夜伏草啼号。魏大中虽死，但追赃的行动并未停止，因此魏学洢被下浙江监狱。

　　魏学洢在家庭遭此大变，对当时政治的黑暗痛心疾首，因此也视死如归。果真在这同一年，魏学洢也因病而死，死时才二十九岁。崇祯初，魏忠贤失势。魏学洢之弟魏学濂沥血上书，陈述父受冤狱，兄死孝之惨状。又上书弹劾阮大钺等人交通逆阉，罪大恶极。不久，魏大中被追谥为忠节，魏学洢也被下诏旌表为孝子。