《秦始皇本纪》记载了秦始皇及秦二世一生的主要活动和所发生的重大事件，条理清晰，内容丰富，真实地反映了秦王朝建立前后四十年间风云变幻的历史场面。秦国从襄公被封为诸侯以后，经过二十几代人的苦心经营，在政治、经济、军事上在战国七雄中占据了绝对的优势，天下统一也为大势所趋。秦始皇顺时乘势，奋发努力，终于兼并六国，建立了我国历史上第一个中央集权的封建国家。接着，他又在政治、经济、军事、文化诸方面实施了一系列重大措施，以健全和巩固新政权。然而，短短十几年，这个空前强大的封建王朝就被农民起义的汹涌波涛冲毁了。应该说，秦始皇对中华民族的形成和壮大所作出的重大贡献，由他领导制定的一系列管理国家的法令、制度、方针、政策对后世的深远影响，在中国的历史上是永远不会磨灭的。但可惜的是，由于他的骄横残暴，滥用民力，横征暴敛，严刑酷法，使他的许多本来可能有利于社会经济、文化发展的政策未能起到应有的作用，使广大人民重新陷入水深火热之中，加速了秦王朝的灭亡。

　　写秦二世，施以重墨，着意叙写了在秦始皇逝世之后，他与赵高合谋篡权的详细经过和他的极端残虐、极端腐朽，生动深刻地揭露出一个昏庸暴君和一个阴谋家的丑恶嘴脸。尤其是对赵高杀二世、子婴杀赵高的精雕细刻，曲折惊险，饱含着作者对二世和赵高的深深憎恶。

　　历史发展的总趋势总是越来越走向进步。司马迁以其朴素的唯物主义历史观，把考察秦朝“成败兴坏之纪”的思想贯穿于《秦始皇本纪》全篇，不仅给人们展示了秦始皇这个集大誉大毁于一身的封建帝王的一生，而且一直在探寻着秦朝的统一及灭亡的原因，他在篇末的论赞中大段引述西汉政论家贾谊《过秦论》的内容，并称赞说：“善哉乎贾生之推言之也！”这对我们认识秦朝的历史有一定参考意义。